Segundo Impacto

 
O Segundo Impacto foi ocasionado pela queda de um grande meteoro na Antártica que ocorreu no em 1999, mas o verdadeiro segredo dessa história foi escondido pela Nerv. Na realidade, o que caiu não foi um meteoro e sim um Anjo, que ao cair explodiu ocasionando o derretimento das calotas polares. Esse anjo, batizado de Adão, foi capturado e levado a base da Nerv. A partir dele, foram criado clones denominados EVAs, o primeiro EVA desenvolvido pela Nerv foi a Unidade 00.
O Segundo Impacto teria sido a luta entre Adão, o bom, e Lilith, o mal, os dois batalharam e então Lilith, ao ser arremessado na Antártica, fez com que as calotas polares derretessem e inundassem todo o planeta. Adão por sua vez, crucificou Lilith no final da batalha, mas foi surpreendido pela Nerv e levado para sua base. Lilith também foi levado e serviu de base para o desenvolvimento da primeira unidade EVA, o EVA 00.